|
|
Gene expression analysis on a subgene level
Kloda, František ; Fišer, Karel (vedoucí práce) ; Novotný, Marian (oponent)
RNA sekvenování nám umožňuje zkoumat expresi jednotlivých genů v buňkách. Vzniklá data je možné interpretovat na více úrovních, kde každá úroveň poskytuje rozdílný typ informace. Kromě měření exprese celých genů je možné kvantifikovat expresi jednolivých exonů, nebo transkriptů (isoforem genů), což umožňuje podrobnější stadium regulačních mechanizmů. Hlavní rozdíl mezi přístupy je při určování původu krátkých readů. Tento krok je především složitější při analýze exprese jednotlivých transkriptů kvůli velké míře sekvenční podobnosti mezi transkripty pocházejícími ze stejného genu. V této práci jsme popsali jedenáct nástrojů pro analýzu exprese na subgenové úrovni a pro porovnání jsme tři z těchto nástrojů spustili na reálných pacientských datech. Výsledky poskytnuté všemi třemi nástroji byli velmi podobné, nejvýraznější rozdíl byl v čase analýzy.
|
|
|
Novel non-coding transcripts at imprinted loci in mammalian oocytes and embryos
NENIN, Nina
Aims of this thesis were to annotate novel transcripts within clusters of imprinted genes in mouse oocytes and embryo, to analyze expression changes of these transcripts during mouse embryonic development, to identify enriched sequence motifs and potential transcription factors binding sites at promoters of transcripts within imprinted gene clusters as well as transposable elements acting as promoters of these transcripts and to identify potential candidates for further functional studies, using bioinformatic methods.
|
|
|
Facial Coding jako nástroj neuromarketingového měření emoční odezvy
Picková, Barbora ; Koudelková, Petra (vedoucí práce) ; Strielkowski, Wadim (oponent)
Bakalářská práce se věnuje neuromarketingovému výzkumu spotřebitelského chování, přičemž se zaměřuje na jeden konkrétní nástroj, patřící do této skupiny, takzvaný Facial Coding. Úvodní část textu prezentuje teoretické základy, na nichž tato výzkumná technika staví, především psychologii emocí a její východiska, a popisuje šestici základních emocí, jež jsou tímto způsobem měřeny. Dále je v práci představen zakladatel výzkumné metody Facial Coding, Paul Ekman, a jeho studie lidské tváře. Ve třetí části text popisuje moderní podobu Facial Codingu, výhody a nevýhody tohoto nástroje a jeho aplikaci v marketingovém výzkumu, která je ilustrována praktickými příklady.
|
|
|
Geneticky podmíněné faktory progrese vybraných forem chronických nefropatií.
Šafaříková, Markéta ; Reiterová, Jana (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent) ; Gaillyová, Renata (oponent)
Nefrotický syndrom je charakterizován proteinurií, hypoproteinémií, otoky a hyperlipidémií. Vyskytuje se u primárních (např. fokální segmentální glomeruloskleróza, FSGS nebo minimální změny glomerulů, MCD) i sekundárních glomerulopatií (např. amyloidóza ledvin). U primárních forem se věnuje velká pozornost možnosti genetického podkladu onemocnění a díky moderním molekulárně- genetickým metodám byly nalezeny geny, jejichž mutace zapříčiňují různé nefropatie (např. ACTN4 nebo INF2). Předkládaná dizertační práce si kladla následující cíle. Za prvé, pokračovat v mutační analýze genu ACTN4, která byla popsána v diplomové práci autorky, u dalších glomerulopatií. Za druhé, zavedení mutační analýzy genu INF2 a následně analyzovat tento gen u pacientů s FSGS/MCD a u speciální skupiny pacientů s pozitivní rodinnou anamnézou pro renální selhání (ESRD) v kombinaci s pokročilým chronickým onemocněním ledvin (CKD) nebo již vyvinutým ESRD v době diagnózy. Za třetí, provést mutační analýzu genů NPHS2 a TRPC6 (metody zavedeny v laboratoři již dříve) u vybraných pacientů ze speciální skupiny. V poslední části se předkládaná práce zabývá expresní analýzou genů, které jsou důležité pro funkčnost podocytů nebo spojené s imunitním systémem člověka. Tato část práce také ověřuje, zda je možné použít poměr expresí genů...
|
|
|
Geneticky podmíněné faktory progrese vybraných forem chronických nefropatií.
Šafaříková, Markéta ; Reiterová, Jana (vedoucí práce) ; Brdička, Radim (oponent) ; Gaillyová, Renata (oponent)
Nefrotický syndrom je charakterizován proteinurií, hypoproteinémií, otoky a hyperlipidémií. Vyskytuje se u primárních (např. fokální segmentální glomeruloskleróza, FSGS nebo minimální změny glomerulů, MCD) i sekundárních glomerulopatií (např. amyloidóza ledvin). U primárních forem se věnuje velká pozornost možnosti genetického podkladu onemocnění a díky moderním molekulárně- genetickým metodám byly nalezeny geny, jejichž mutace zapříčiňují různé nefropatie (např. ACTN4 nebo INF2). Předkládaná dizertační práce si kladla následující cíle. Za prvé, pokračovat v mutační analýze genu ACTN4, která byla popsána v diplomové práci autorky, u dalších glomerulopatií. Za druhé, zavedení mutační analýzy genu INF2 a následně analyzovat tento gen u pacientů s FSGS/MCD a u speciální skupiny pacientů s pozitivní rodinnou anamnézou pro renální selhání (ESRD) v kombinaci s pokročilým chronickým onemocněním ledvin (CKD) nebo již vyvinutým ESRD v době diagnózy. Za třetí, provést mutační analýzu genů NPHS2 a TRPC6 (metody zavedeny v laboratoři již dříve) u vybraných pacientů ze speciální skupiny. V poslední části se předkládaná práce zabývá expresní analýzou genů, které jsou důležité pro funkčnost podocytů nebo spojené s imunitním systémem člověka. Tato část práce také ověřuje, zda je možné použít poměr expresí genů...
|
|
|
Facial Coding jako nástroj neuromarketingového měření emoční odezvy
Picková, Barbora ; Koudelková, Petra (vedoucí práce) ; Strielkowski, Wadim (oponent)
Bakalářská práce se věnuje neuromarketingovému výzkumu spotřebitelského chování, přičemž se zaměřuje na jeden konkrétní nástroj, patřící do této skupiny, takzvaný Facial Coding. Úvodní část textu prezentuje teoretické základy, na nichž tato výzkumná technika staví, především psychologii emocí a její východiska, a popisuje šestici základních emocí, jež jsou tímto způsobem měřeny. Dále je v práci představen zakladatel výzkumné metody Facial Coding, Paul Ekman, a jeho studie lidské tváře. Ve třetí části text popisuje moderní podobu Facial Codingu, výhody a nevýhody tohoto nástroje a jeho aplikaci v marketingovém výzkumu, která je ilustrována praktickými příklady.
|
|
|
Vliv polymorfismu NKR-P1 na expresi receptorů Ly49 u hybridních kmenů myší (C57BL/6 x Balb/c, F10-F12)
Holubová, Martina ; Fišerová, Anna (vedoucí práce) ; Vomastek, Tomáš (oponent)
Vliv polymorfismu NKR-P1 na expresi receptorů Ly49 u hybridních kmenů myší (C57BL/6 x Balb/c, F10-12) Abstrakt Přirozené zabíječské (NK) buňky tvoří subpopulaci velkých granulárních lymfocytů, které zprostředkovávají spontánní imunitní odpověď proti nádorovým a mikroorganismy infikovaným buňkám a představují tak důležitou součást vrozené imunity. Na povrchu NK buněk je exprimována široká škála aktivačních a inhibičních povrchových receptorů, jejichž prostřednictvím NK buňky rozpoznávají abnormální buňky; cytolytická aktivita je regulována na základě rovnováhy aktivačních a inhibičních signálů. K nejvýznamnějším rodinám receptorů myších NK buněk patří rodiny NKR-P1 a Ly49, které spadají do C-lektinové superrodiny receptorů kódované NK-genovým komplexem (NKC) na chromosomu 6 a zahrnují jak aktivační, tak inhibiční členy. Hlavním cílem této diplomové práce bylo ověřit vliv polymorfismu Nkr-p1c na expresi receptorů Ly49 a zjistit, zda se clustery genů Ly49 a Nkr-p1 lokalizované na opačných koncích NKC domény dědí nezávisle na sobě, či zda je na potomstvo přenášena celá NKC doména. Dalším cílem bylo zmapovat vliv zmíněného polymorfismu na cytotoxicitu NK buněk a růst nádorů. Pro tento účel byly použity myši inbredních kmenů C57BL/6 a Balb/c a jejich hybridi 10.-12. dceřinné generace. Genomy myší zmíněných kmenů...
|
|
|
Vliv proteinu IDGF2 na expresi vybraných genů u buněčné linie Cl.8+
ROUHOVÁ, Lenka
Růstové faktory imaginálních terčků (IDGF) jsou proteiny, které jsou schopny ve spolupráci s inzulínem indukovat proliferaci u buněk z linie Cl.8+. Rovněž jsou zapojeny v odpovědi na hladovění a ve vrozené imunitě. Analýza transkripce na úrovni celého genomu provedená naší laboratoří ukázala, že aplikace proteinu IDGF2 na buňky Cl.8+ má positivní vliv na expresi desítek genů. Cílem mé práce bylo ověřit tento vliv na několika vybraných genech pomocí kvantitativní PCR
|
host ::
RSS.